目前尚无防治病毒病的有效药剂，在果树病毒防治中常采用的策略包括以下几个方面。
1. 栽培无病毒苗木
对于主要通过嫁接途径传染、无自然传播介体或介体传播效率较低的病毒病，可通过培育和栽培无病毒的种苗达到控制病毒病的发生危害或延缓植株衰退的目的。这项措施已在果树、花卉和许多采用无性方式繁殖蔬菜的病毒防治中得到广泛应用。
2. 加强检疫
加强检疫是防止病毒病通过人为调运种苗传播的重要措施。在植物病毒中，许多为检疫性有害生物，在对外引种和国内地区间苗木及繁殖材料调运过程中，很容易使新的病毒传人和扩散，必须加强检疫检验和无病毒母本材料的管理。
3. 防治传毒虫媒
许多病毒在田间主要通过介体虫媒传播扩散，这类病毒病的发生和流行程度与虫媒的活动有关。使用化学药剂及时防治蚜虫等虫媒，可以起到减轻病毒病发生危害的作用。
4. 抗病毒基因工程
选用抗病品种是防治植物病害的一种重要途径，但许多植物缺乏对一些重要病毒病的抗病基因，不能通过常规的育种方法获得理想的抗病品种。通过基因工程技术可将外源基因导入植物，使植物获得抗病性。
此外，在植物病虫害防治中常采用的提高植物抗病力的农业措施对病毒病的防治也有一定效果。在这些措施中，操作简便和最有效的是培育和种植无病毒苗木。