果酒正常发酵是保证质量的关键，有时会出现发酵异常，特别是在前发酵的静止期、萌发期以及后熟发酵的缓慢期、停止期。常见的异常现象有：
不发酵或发酵缓慢：在正常情况下，接种后24小时内应进入萌发期开始发酵，若24小时后无动静，应查明原因补救。其原因有：品温过低或过高，应控温补救；或硫处理过重，采用分割降低二氧化硫含量；或接种量低，酵母衰老，补加新鲜健壮酒母；或果汁酸分过高（1%以上），或糖分调整过高（20%以上），宜降酸或降糖；或果汁营养不良（含氮、磷少），按100公斤果汁加20-25克磷酸铵。
发酵中止：主发酵突然中止，其原因有发酵温度过高（35℃以上），酵母衰老，即时降温，或补加新鲜健壮酒母；或果汁糖分低，糖耗尽，补加糖恢复之。
怒涛发酵：发酵如浪涛，其原因有接种量过大，采用分割；或杂菌大量繁殖，补加二氧化硫控制，或降温控制。
醋酸发酵：常出现在发酵后期，品温超过35℃以上，其现象是：发酵液有酸涩味，刺舌，挥发性酸增加。采用降低温度，或补加二氧化硫抑制。
杂菌感染：发酵液在静止期和后期，表面生一层膜，在初期将膜捞出，补加旺盛酒母及表面加一层高浓度酒精阻止蔓延；在后期除捞膜外，添满容器，加酒。