短枝型苹果树由于遗传基础不同于普通品种，其各个组织器官形态特征都发生了变异。有些从苗期就能明显表现出来，因此掌握这些变异的特征，就可以在苗期及早地准确鉴别短枝型品种。以免造成损失。
1.芽的性状：短枝型品种一年生枝上芽距不超过2厘米，芽数多，腋芽肥大、饱满，芽尖端钝或圆，与枝条稍有分离，芽褥突出明显。新红星每米新梢平均芽数为779个，金矮生为569个，好矮生为934个。元帅系短枝型品种一年生枝上腋芽平均长度为0.50厘米，芽基部宽0.46厘米；而普通型品种芽长仅有0.38厘米，基宽0.37厘米。短枝型品种顶芽的体积相当于普通品种的2～2.5倍。
2.叶片性状：短枝型品种新梢上每米叶片平均为88.5片，而普通型只有49片，为1.8倍单叶平均叶面积较普通型大1.3倍，叶片厚度比普通型厚11.8%。而且叶色浓绿，叶面光滑。
3.枝条剖面性状：短枝型品种枝条剖面比普通型皮层厚，标志着其活组织多，死组织少，因而生机旺盛，生命力强。