柠檬的病虫害(包括黄龙病)及其防治方法，与其他柑桔类相同，对溃疡病、疮痂病、裾腐、流胶病等则较敏感。
1.溃疡病
柠檬的枝、叶、果易受溃疡病为害，在多雨的夏天应注意，防治药剂为“4-4式波尔多”或其他铜剂。
2.疮痂病
柠檬对疮痂病的抵抗力很弱，一旦被感染时，果实表面产生突起，此病在低温多湿时易发生，防治药剂包括“甲基多保净”及“腈硫醌”等可湿性粉剂。
3.裾腐、流胶病
柠檬类对疫病菌所引起的裾腐、流胶等树干基部的病害也相当敏感，此病多在土壤中，而由伤口感染，避免树干受伤或天牛蛀食及注意排水可减少此病的发生，喷铜剂时顺便喷洒树干部分，也有预防效果。