这里所说的根系修剪，并不是直接修剪根系，而是指通过中耕、施肥或深翻，切断部分根系，起到修剪的作用。幼树定植和大树移栽时，可直接修剪根系，主要是剪去劈裂根、折断根或患有根部病害的部分根系。当然，果园中耕、深翻扩穴的目的，是为加厚土层和改善土壤的理化性状，而不是为了修剪根系，但生产实践表明，适度深耕是增强果树根系活性的有效措施，因而有些地方称果园深耕为根系修剪。
果树根系的修剪适时、适量，能在短期内恢复甚至超过原来的根系生长量，由于大量新吸收根的形成，可以大大提高整个根系的活力。根系修剪后，虽然在短期内地上部的生长，可能暂时受到抑制，但由于叶面积增加和光合效能的增强，能使根系的活力迅速恢复，增强对钙、磷等矿质营养的吸收能力。所以有些果园采取断根措施，抑制过旺地营养生长，促进花芽形成。
果树根系修剪（深翻扩穴）的适宜时间，是在果实采收以后。此时地温尚高，利于新根再生。部分根系遭受损伤后，不会影响整个树体，反而可以抑制秋梢生长。如果地上部的叶片完整，有足够的光合产物输送到根部，可以为伤根的恢复和新根的发生提供足够的营养供应。试验结果表明，果树的大部分吸收根，分布在地表下10～90厘米的范围内，因此，每年深耕或深刨树体两侧的行间，隔年进行轮换，深翻深度50厘米左右，是较为适宜的。耕翻过深，伤根过多，会影响叶片的光合效能，进而影响花芽分化。在深翻或深刨的同时，施入足够的腐熟有机肥料，可以促进根系的恢复和新根的发生。但过度伤根，可能造成减产。