（1）树种和品种的生物学特性果树的种类和品种不同，其生物学特性也各不一样，即是同一树种，不同品种间的萌芽早晚，枝量多少，分枝角度大小，枝条软硬程度，枝类的构成和比例，中干的强弱，形成花芽的难易，对修剪反应的敏感程度等，都有明显差异。因此，在整形修剪时，就必须根据树种和品种的不同生物学特性，采取有针对性的修剪方法，作到因树种、品种进行修剪，就成为果树整形修剪最根本和最重要的依据。
不同树种之问如苹果和梨，其生物学特性就有明显差异：梨树的顶端优势强于苹果，幼龄期间，枝条的直立性强于苹果，进入盛果期后，骨干枝的角度又比苹果树更为开张，梨的萌芽力高于苹果，成枝力却又弱于苹果，成花比较容易，结果也早，但比苹果容易出现大小年结果现象；梨树隐芽的寿命长于苹果，因此，缩剪和更新修剪，就比苹果更为方便。由于苹果和梨的这些生物学特性上的差异，在整形修剪时，就应注意对幼龄梨树的修剪，主枝的剪截程度要轻于苹果，也就是说，要比苹果更强调轻剪多留；主枝顶端的高度，要与中心领导枝的高度相近，以防出现上强下弱现象；为防止梨树进入盛果期后主枝弯曲下垂，第一层主枝的开张角度可以相对较小，一般保持在40度左右即可，而不必像苹果树那样，一开始就要整成80度左右的基角；梨树的萌芽力高，成花容易，所以进入结果期后要注意控花；梨树的稳芽寿命也比苹果树长，因此，可以利用其基部多年生隐芽，更新骨干枝和树冠，而苹果树4年生以上枝段进行缩剪时，就较难收到更新复壮的理想效果，有时还可能使缩剪枝加速衰老或干枯死亡。
在葡萄的不同品种间，果枝分生节位高的龙眼，宜采用棚架整形和长梢修剪，而长势较弱，果枝分生节位较低的玫瑰香等品种，则应采取篱架整形和短梢修剪。
（2）树龄和树势果树的年龄时期不同，生长和结果的状况也不一样，因而在整形修剪时，所采取的方法，也应有所区别。苹果、梨等果树，在幼龄至初果期，一般长势较旺，枝叶量较少，长枝较多，中、短枝较少，枝条较为直立，角度不易开张，花果数量也较少；进入盛果期以后，树体长势逐渐稳定，由旺长而中庸以至偏弱，枝、叶量显著增加，长枝数量减少，中、短枝比例增加，角度逐渐开张，花、果数量增多。因此，在整形修剪过程中，就应根据不同年龄时期的生长结果特点，分别采用轻重不同的修剪方法：对幼龄至初果期树，应适当轻剪，增加枝条总量和枝条级次，扩大树冠，提早结果和早期丰产；对已经进入盛果期的大树，则应适当加重