苹果套袋技术的推广，优化了果园生态环境，改善了果品外观质量和内在品质，降低了农药对果品的污染，对防治某些病虫害有一定效果，但也加重了某些病虫害的危害，应予以重视。
一、套袋对病虫害的防治效果
1、套袋减轻了轮纹烂果病的发生 苹果花后至幼果套袋前，是生产管理的重要时期，果农一般较为重视。多喷2-3次杀菌剂及钙制剂，可确保幼果前期不受病菌侵染。6-8月，随雨季的到来，轮纹烂果病的侵染高峰期也来临，采取苹果套袋技术，有效阻断了病菌对果实的侵染，可将烂果率控制在1％以下。
2、套袋减轻了桃小食心虫等蛀果害虫的危害果实套袋是控制蛀果害虫的有效措施。但苹果套袋多在富士品种上，而种植面积较大的金冠、新红星等易受害品种则很少套袋，一些多品种混栽园，未套袋品种蛀果率高达10-15％。
二、套袋的副作用
1、膜袋苹果日灼病发生率增加 果实套膜袋初期，午后袋内温度明显高于外界，一般较不套袋苹果果面温度高4-5℃，此时正值春季气温骤升骤降的不稳定季节，膜袋会使幼果处于较高的温度环境中，如再遇气温骤升，幼果就会处于与其生理需求不相适应的温度条件下，受到阳光直射后极易产生日灼现象，并且灼伤程度较严重。据调查，套膜袋苹果果实的日灼率较不套袋苹果高511.30-636.43％，发病程度为不套袋苹果的1.09-1.39倍。
2、生理性病害发生加重 套袋后的果实处于湿度大、温度高的环境，果实水分拉动力明显下降，果实对树液中营养物质的吸收减少，且在中后期又不能通过果面直接吸收药肥，使果实中钙、硼、锌等微量元素含量大大降低，加重了果实缺钙病、缩果病等生理病害的发生。据调查，套双层纸袋苹果缺钙病发病率一般为10-20％，严重的发病率高达32％。大面积落果和中后期果实发病，都会给生产造成惨痛损失。
3、红点病、黑点病发生趋重 果实套袋后，袋内温度升高，湿度增大，因果实表面细嫩，故极易致病。加之大多数果农对病症的识别能力差，用药缺乏针对性，使果实红点病、黑点病发病率大大提高。据1999-2000年大面积普查，套塑膜袋红富十苹果的红点病、黑点病发病率约l5％，金冠达20％以上，严重者高达40％左右。这些斑点虽存在于果实表面，一般不造成果实腐烂，但严重影响果实外观质量，会造成不应有的经济损失，应引起高度重视。
4、康氏粉蚧危害加重 套袋苹果袋内环境趋暗、潮湿，为喜阴的康氏粉蚧等害虫创造了良好的栖息场所，因此，近年来康氏粉蚧对苹果的危害愈来愈重，受害苹果果实商品率降