土壤中的微量元素有四种存在形态：①土壤中矿物态的微量元素，含于土壤原生矿物和次生矿物的晶格中，作物不能吸收，只有经过很长时间的风化过程，才可能转化为可吸收的状态。②土壤有机物质中所含的微量元素，在有机质的矿质化作用中可以分解释放出来，分解之前作物也不能吸收。③以离子状态吸附在土壤胶体表面的交换性微量元素，能与土壤溶液中的离子进行交换，作物可以吸收利用。④水溶性的微量元素，存在于土壤溶液中，最易被作物吸收利用。土壤中缺乏某些微量元素，通常并不是因为土壤中这些微量元素的总量不足，而是因为它们的有效性低。不同形态微量元素的有效性相差很大，但它们之间也是可以相互转化的。影响这种转化的主要因素是土壤的酸碱度，其次是土壤的通气性和有机质含量等。当pH值较高时，水溶性和交换性的硼、锰、锌、铁都会不同程度地转化，固定成难溶的各种次生矿物，降低有效性。所以，在石灰性土壤中，可能容易缺乏这些微量元素。然而，在微酸性至中性的土壤中，这些微量元素的有效性却会比较高。但如土壤的pH值过低，铁、锰化合物的溶解度就会增大，有时会导致可溶性铁、锰过多，并可能产生对作物的毒害。在酸性土壤中，钼易与铁、铝、锰等的氧化物作用，固定成难溶的含钼矿物，因而导致作物可能缺钼，如果在酸性土壤上增施石灰，则能提高钼的有效性。铜的有效性，也因土壤pH值的增加而降低。但主要的缺铜土壤是泥炭土和洳泽土。因为铜能与腐殖质结合形成稳定的化合物，失去有效性。此外，土壤的氧化还原状况对锰的有效性也有明显影响。当土壤的氧化性能增强时，尤其在pH值较高的情况下，水溶性和交换性锰，就被氧化成难溶的矿物态锰。
缺锌土壤主要是石灰性土壤，有北方的潮土、褐土、黑色石灰土、栗钙土、黄绵土、潮土、黄潮土、棕壤、黄棕壤、石灰性紫色土等，在水稻土地区主要是石灰性和中性水稻土。一般用土壤有效锌含量衡量土壤锌的丰缺，当土壤有效锌含量低于0.5毫克/千克时，视为土壤缺锌。果树缺锌时，多表现为小叶病。缺硼土壤大致可分为两个区域，一个是南方酸性红壤区，包括砖红壤、赤红壤、红壤、黄壤和黄潮土，而且面积较大；另一个是黄土高原黄土母质和黄河冲积物发育的各种土壤。只有西北内陆地区的土壤和盐土为高硼土壤。因此，我国缺硼的面积较大。从土壤有效硼含量看，低于0.5毫克/千克则视为土壤缺硼。果树缺硼时，多表现为缩果病。在对硼敏感的苹果、葡萄、梨等果树上，施用硼肥增产明显。缺钼的区包括北方的黄潮土和黄土发育的土壤及南方的酸性土壤，前者缺钼的原因是母质含钼量低，后者则是土壤含钼量大，但PH偏酸，有效钼含量降低。因此，我国缺钼的面积较大。果树缺钼时，柑桔表现为黄斑病。当土壤有效钼的含量低于0.1毫克/千克时，应施用钼肥。缺锰的土壤主要分布在北方石灰性土壤，如栗钙土、黄绵土、褐土等，黄潮土、棕壤有时也缺锰。上述土壤中尤以质地轻，通透性良好，氧化还原电位高的土壤易缺猛。南方的酸性土壤很少缺锰。当土壤有效锰低于5.0毫克/千克时，施用锰肥增产可达10％以上。缺铁土壤广泛分布于黄河流域以北，缺铁常出现在游离碳酸钙含量高的碱性土壤上，而在酸性土壤上很难观察到缺铁现象。一般在土壤有效铁小于10毫克/千克时，施铁就有增产效果。果树缺铁时，表现为黄叶病。对铁敏感的作物主要有多年生果树，如苹果、梨、桃。缺铜比较少见，主要是多数土壤有效铜的供应适度。所以铜的施用较少，当土壤有效铜低于0.2毫克/千克时，建议施用铜肥。