(1)常用的有机肥料如堆肥、厩肥、棉籽粉、羽毛、血粉等含有大量的不溶成分，肥效迟缓。为确保其足量降解，使果树适时获得营养，一般应在早春提前施用。
(2)当果树营养不足时，应用可溶性的有机肥料如鱼乳状液、可溶性的鱼粉或水溶性的血粉等进行叶面喷施。
(3)有机肥施用量一般根据果树需N量和有机肥料的含N量来确定。为防止施用过量，还必须考虑果园中的豆科覆盖作物或覆盖材料的贡献。
(4)由于根据N来计算肥料的用量时常会导致土壤元素失衡，因此，还需结合田间观察、土壤和叶分析来确定果树的营养状况。由于叶分析能在症状出现之前确定缺素或营养过量，因而更能准确指导施肥。
4、果树有机栽培的杂草管理
在果树有机栽培中，控制杂草是田间管理的重要工作之一。主要措施有：
(1)耕作。耕作主要用来控制行间杂草，同时也将覆盖作物翻耕到土壤中。耕作深度不宜过深，否则易损伤根系并且还会将土壤深层的杂草种子带到地表使之易萌发。
(2)应用有机接受的除草剂。如美国Rineer公司生产的除草剂“Superfast”，是一种基于脂肪酸的钾盐，为一种非运转、接触型除草剂，对刚萌发的一年生杂草最有效，但对多年生或者已经长大的一年生杂草，需喷多次才有效。
(3)养禽除草。草食鹅已用于草莓、越橘和树莓等果树上的杂草控制。如在俄克拉何马州，有机栽培者用鹅成功控制了商业化规模草莓和越橘种植园的杂草。一般说来，鹅对消除刚萌发的小草最为有效。它们最喜爱食用狗牙根和石茅这二种果园里特别难除的杂草。
(4)火灼除草(nameWeeding)。其原理是用高温烫杀杂草，使杂草细胞破裂而死亡。火灼杀草在越橘和葡萄中已开展，但对植株会造成一定程度的伤害。可结合喷水防止烧伤植株。
5、果树有机栽培的害虫控制
多年生果树作物与一年生作物在害虫管理方面的主要区别是：不能依赖轮作来防治害虫(草莓、树莓等是例外)。多年生果园稳定的农业环境，为害虫群体的建立提供了条件。当然反过来，也对果园有益生物种群的形成有利。有机果园害虫控制的主要途径有：
(1)培养健康和强健的果树植株。培养健康植株、维持良好的生长势对控制间接危害果实的害虫(以叶、茎为食)更为有效。如李树在生长初期常受毛虫(间接害虫)危害而落叶，但如果李树长势良好，就能很快恢复，当年仍能获得较好的产量。
(2)生物控制。生物控制是指利用有益生物来控制害虫虫口数量。一些有益